Tiếp nối câu chuyện còn dở dang ở hai phần đầu, “Hồ sơ công lý III” trở lại cũng là lời tri ân của giám chế Đặng Đặc Hy gửi đến những khán giả trung thành của TVB. Đặc biệt phần III có thêm nhiều nhân tố mới gây cấn, tạo nên những xung đột đáng suy ngẫm giữa luật pháp và tình người. Đó là loạt vụ án chấn động: Vụ án tự tử vì tình lại chuyển biến thành một vụ án cưỡng hiếp? Một đôi tình nhân bị tố mưu sát, nhưng hai người lại là đàn ông? Tình mẹ vốn vĩ đại đáng được ca tụng, nhưng lại trở thành động lực phạm tội? Những thảm án gia đình; cảnh sát giết hại lẫn nhau; sự cố y tế gây chết người; vụ án đã kết thúc mười mấy năm đột nhiên phải lật lại…